随着当前家禽规模化养殖的普及，鸡的球虫病这种传播性原虫病不再是那么普遍，但在一些管理较差的鸡场球虫滋生依旧多见，发病率和死亡率都很高，鸡的后期产蛋和育肥增重受到一定影响。

一般鸡场普遍使用癸氧喹酯溶液或是妥曲珠利溶液治疗，若使用得当球虫控制的比较好，鸡场一时安宁。但长期应用化学药物也存在着药物残留和耐药性问题。

畜牧养殖使用中药，俗称中兽药，其毒副作用小，不易产生耐药性、无药物残留越来越受到养殖户们的青睐。有研究表明，单味中药可有效治疗球虫病感染，如青蒿、常山、钩藤、地榆、白头翁、墨旱莲、苦参等均有较好疗效。

其中钩藤制剂的抗球虫指数与地克珠利对照组的抗球虫指数可以达到同一水平;白头翁水提取液可以显著减少血便堆数和卵囊数，明显减轻盲肠病变，同时能明显提高鸡的成活率和相对增重率。

青蒿直接作用于虫体，杀灭球虫或抑制虫卵的裂殖分化。有资料显示,使用青蒿含量高的配方，鸡肠道病变值和盲肠内的卵囊数均明显低于食用青蒿含量低的鸡,说明青蒿对组方的抗球虫效果有着显著的重要作用,并能有效保护宿主,抑制卵囊发育。且能提高外周血液的白细胞数、淋巴细胞数,尤其对各免疫器官中的T、B淋巴细胞的数量和活性有显著的提高作用,从而提高宿主机体的抵抗力。不仅如此，使用青蒿的实验组，鸡的成活率和相对增重率也有明显的提高。以青蒿为主要原料来生产的抗球虫中兽药产品在防控球虫病方面发挥了重要的角色。

同样，复方制剂中兽药也可以加大球虫病的治疗效果，针对球虫问题进行辩证治疗，改善鸡体的体质，调节肠道环境，提高鸡体免疫力，达到抑制球虫滋生和传播的目的。如：以青蒿、钩藤等为君药，配伍其它的中药材，如栀子、大黄、黄柏、苦参等加工的中兽药方剂如钩藤复方、白头翁苦参散、五草汤等，它们具有清热燥湿、凉血解毒、抑菌杀虫等功效，在畜牧养殖也有非常广阔的前景。

在治疗球虫病时，还可以将中西药联合使用或穿梭使用。中西药联合用药和穿梭用药在保证高效抗球虫指数的前提下，可以增强中兽药制剂药效，且大大减少西药的用量，防治鸡球虫病见效快，并且能防止抗药性的产生。